Để đảm bảo công tác vận hành theo mô hình trường học bán trú được khoa học và tạo không gian thoải mái cho học sinh, Trường Tiểu học - THCS Fansipan đã đầu tư xây dựng hệ thống bán trú theo đúng tiêu chuẩn chất lượng cao với đầy đủ các cơ sở hạ tầng, chương trình chăm sóc sức khỏe dinh dưỡng,…Cơ sở vật chất nhà ăn Fansipan School được thiết kế hiện đại, tuân thủ các quy trình về an toàn thực phẩm và chế biến thức ăn.